わきゃしま大好き

ジンベイザメの食事はプランクトン（オキアミを含む小型甲殻類やその幼生、頭足類の幼生など）のほか、小魚、海藻などを摂食する。海水と一緒にそれらの生物を口腔内に吸い込み、鰓耙で濾し取り、鰓裂から水だけを排出し、残った生物を呑み込むという給餌方法である。プランクトンは海面付近に多いため、ジンベイザメも海面近くでほとんどの時間をすごす。サンゴの産卵期にはその卵を食す。海面付近に漂う餌を効率よく口内に吸い込むために、体を垂直近くにまで傾ける習性が見られる。このため、大きな個体を飼育する沖縄美ら海水族館では、ジンベエザメの成熟した個体がそのような姿勢をとるに十分な大水槽の水深を10mとしている。

本種とイワシ等の小魚はともにプランクトンを主食としており、したがって両者は同じ海域に餌を求めることが多い。小魚やその小魚を餌とする中型の魚はカツオやマグロといった大型回遊魚の餌であるから、本種のいる海域には大型回遊魚の群れがいる可能性も高くなる。つまりこのように、ジンベエザメは1個体で一つの小さな生態系を形作るのである。
動きは緩慢で、遊泳速度は通常時、時速わずかに5km程度でしかない。

性格はいたっておとなしい。また、非常に臆病で、環境の変化に弱く、そのため人工飼育が難しい。しかし、大阪市の海遊館や沖縄県の国営沖縄水族館（現・沖縄美ら海水族館）などで長期の飼育記録がある。

繁殖についてはあまり分かっていないものの、数年に一回の割合でしか出産しない繁殖力の低い動物であることは知られている。かつては卵生であると信じられていたが、1995年に妊娠中のメスが捕獲され、胎生であることが判明した。卵は長径30cm、短径9cmに達するものもあり、メスの胎内で孵化した後、40cmから60cmに達した状態で出産される。約30年で成熟し、60年から70年ほどを生きる。なかには150年を生きるとの説もある。